Nintendo công khai tuyên bố chế độ 3D của Nintendo 3DS không dành cho trẻ em từ 6 tuổi trở xuống, có thể gây hại cho tầm nhìn của chúng. Những người chơi trẻ tuổi nên sử dụng chế độ 2D, mặc dù Hiệp hội quang học Mỹ đảm bảo với cha mẹ chơi game 3D trong chừng mực sẽ không gây hại cho trẻ em. Ngoài ra, 3DS có thể giúp kiểm tra trẻ em trước 6 tuổi có vấn đề về thị lực, theo Tiến sĩ Michael Duenas, phó giám đốc khoa học và chính sách y tế cho Hiệp hội quang học Mỹ, và Tiến sĩ Joe Ellis, chủ tịch của hiệp hội chuyên viên đo mắt. Tuy nhiên, Tiến sĩ David Hunter, một bác sĩ nhãn khoa nhi khoa liên kết với Học viện nhãn khoa Mỹ, tin rằng phần lớn suy đoán liệu một đứa trẻ có vấn đề nhận thức về chiều sâu của hình ảnh trong cuộc sống thực sẽ phản ứng với 3DS theo cách nào mà cha mẹ chúng đặt ra. Cảnh báo mơ hồ của Nintendo là, "có khả năng hình ảnh 3-D gửi những hình ảnh khác nhau đến mắt trái và mắt phải có thể ảnh hưởng đến sự phát triển thị lực ở trẻ nhỏ", nhưng không dẫn chứng bởi bất kỳ bằng chứng khoa học nào, dẫn đến Duenas tin rằng nó được thúc đẩy bằng cách ngăn chặn trách nhiệm pháp lý, thay vì chống lại sự tổn hại thực tế.

Nintendo đã tuyên bố rằng kiểm soát cha mẹ liên quan đến mã PIN sẽ cho phép cha mẹ vô hiệu hóa hiệu ứng autostereoscopic. Chơi trò chơi 3D đã bị nghi ngờ gây đau đầu cho một số game thủ. Sự chóng mặt của một số người dùng có thể được giải thích tương tự như những cơn đau đầu mà những người xem phim 3D trải qua, được cho là do nhầm lẫn do thiếu tín hiệu trực quan mà con người sử dụng để cảm nhận chiều sâu trong môi trường hàng ngày của họ.

Chủ tịch Nintendo của Mỹ Reggie Fils-Aimé đã trích dẫn một phần những mối quan tâm này là một trong những ảnh hưởng của Nintendo 2DS, một phiên bản khác của Nintendo 3DS thiếu chức năng 3D.